Aplicaciones

Para simplificar el uso de las aplicaciones instaladas en Magerit se utiliza Lmod, una implementaci贸n de Environment Modules. Esta utilidad se encarga de preparar el entorno de ejecuci贸n para utilizar distintas versiones de las aplicaciones y sus dependencias mediante la carga de m贸dulos de configuraci贸n.

En un momento determinado Magerit puede tener varias compilaciones diferentes de software identificadas por el a帽o y, opcionalmente, una letra. El sistema cargar谩 una de ellas por omisi贸n, aunque es posible cargar otra simplemente cargando el module apps/[a帽o] en la sesi贸n interactiva y en los trabajos que se env铆en al sistema.

Uso de aplicaciones instaladas

Las operaciones m谩s comunes cuando se quiere ejecutar aplicaciones ya instaladas:

avail

Muestra todas las aplicaciones disponibles en el sistema.

module avail
list

Muestra las aplicaciones cargadas actualmente.

module list
load

Carga la versi贸n predeterminada de una aplicaci贸n (aquellas que aparecen marcadas con una (D) en el listado).

module load <app>
load

Carga una versi贸n determinada de una aplicaci贸n.

module load <app>/<ver>
switch

Cambia una aplicaci贸n por otra.

module switch <app1>/<ver1> <app2>/<ver2>

module switch es equivalente a ejecutar module unload <app1> && module load <app2>/<ver2>.

unload

Descarga una aplicaci贸n.

module unload <app>
purge

Descarga todas las aplicaciones.

module purge

Lmod proporciona una utilidad denominada ml que es equivalente a usar module (todas las operaciones anteriores est谩n soportadas) y a帽ade una sintaxis simplificada para la carga y descarga:

ml <app>

Carga una aplicaci贸n. Es el equivalente a module load <app>

ml -<app>

Descarga una aplicaci贸n. Es el equivalente a module unload <app>

Es posible combinar varios cambios simult谩neos ml <app1> <app2> -<app3>

La Gu铆a del usuario de Lmod proporciona m谩s informaci贸n sobre su uso.

Compilar c贸digo propio

Adem谩s de las aplicaciones para uso general, tambi茅n est谩n disponibles compiladores y bibliotecas para compilar c贸digo propio. Los conjuntos de estas dependencias b谩sicas son los denominados toolchains que se distribuyen tambi茅n mediante los correspondientes modules.

En Magerit, las compilaciones se realizan con un reducido subconjunto de toolchains:

Toolchain Compiladores Librer铆as Matem谩ticas Librer铆a MPI

foss

GNU

GNU

OpenMPI

intel

Intel

Intel

Intel

Las versiones espec铆ficas que componen cada toolchain est谩n descritas en los Common toolchains de Easybuild.

Asimismo, est谩n documentados todos los toolchains conocidos aunque son menos empleados.

Para configurar el entorno para utilizar cualquiera de los toolchains es necesario cargar el modulo correspondiente como para cualquier otro tipo de software.

module load <foss|intel>

A partir de este momento, estar谩 cargado todo el entorno de compilaci贸n: compiladores, librer铆as matem谩ticas, librer铆as de paso de mensajes…​